لایه های لجن و پس مانده ها در کف سپتیک تانک باعث رشد و تکثیر باکتریها شده و واکنش های بیولوژیکی که در جریان رشد و تکثیر این باکتری ها اتفاق میفتد مواد آلی الاینده را تجزیه می کند و به این ترتیب فاضلاب تصفیه می گردد.