زمان توقف فاضلاب در سپتیک تانک بسته به بزرگی و کوچکی سپتیک تانک می تواند 12 ساعت ، یک روز و حداکثر سه روز باشد ، در مدت توقف فاضلاب در سپتیک تانک مواد معلق فاضلاب در کف مخزن ته نشین شده و در مدتی نسبتا طولانی عملیات هضم بی هوازی در آن اتفاق خواهد افتاد.